五个月后。Sydney退出中央情报局，与Dixon、Jack、Vaughn和Sloane一起加入了一个名为“仅限授权人员”的黑色行动单位，他们因有限的豁免权而与陆军警察局合作。 与此同时，Sydney在维滕伯格发现的真相危及了她与Jack的关系，最终她向Vaughn透露了关于她的父亲一年多前谋杀了Irina的可怕真相。

Sydney发现自己与失散已久的母亲Irina面对面，她对女儿的意图清晰得令人毛骨悚然。然而，Sydney成功逃脱，并与Jack和Will一起逃离台湾。回到洛杉矶后，Sydney继续寻找Vaughn，不知道他在台北被水墙冲走后是死是活。 当Will得知SD-6的真相和Sydney作为双重间谍的生活时，他的生活发生了永远的改变。此外，Dixon必须决定是否向Sloane通报Sydney的可疑活动，但Jack介入并为Sydney提供掩护。 Sydney后来找到了Vaughn，Vaughn帮助她试图追踪她的母亲Irina。Irina正在寻找一件名为“圣经”的林巴尔迪神器。

表面上，雪莉是一名普通的大学研究生，实际上，她已经为名为SD6的秘密情报组织工作多年。在同男友结婚之际，雪莉决定向其公开自己的真实身份，没想到男友却因此被组织的安全人员暗杀。愤怒中，雪莉选择了“罢工”，之后亦遭到了抹杀。 危机之中，雪莉知道了自己的父亲杰克也和自己一样是秘密特工，并且，在背后扶持SD6的并非国家组织，而是拥有强大武力的反动分子。于私于公，雪莉和SD6都有着不共戴天之仇，她回到了SD6，但此时，雪莉的身份已升级成了为CIA工作的双重间谍。 在危险和考验之中，雪莉的任务只有一个，那就是彻底铲除SD6。

詹妮弗·加纳、安格瑞·赖斯、尼可拉·科斯特-瓦尔道主演苹果剧集《他告诉我的最后一件事》宣布续订第二季。