正值万圣节之际，东京涉谷热闹非凡。涉谷HIKARIE大厦里正在举办一场婚礼，身着婚纱的便是——警视厅的佐藤警官。当柯南等宾客都在见证这场婚礼的时候，突如其来的暴徒向佐藤扑去！高木为了保护佐藤而受伤，好在性命无忧。可这时映入佐藤眼里的，是三年前爆炸事件松田阵平殉职时出现的死神的幻影，这一次出现在了高木的身上。 　　与此同时，那场连续爆炸事件的犯人越狱了！这是巧合吗？然而这时，危险已经开始笼罩搜查中的柯南等人……

曾是“科搜研王牌”的主妇吉冈诗织（松本真理香 饰），一边处理家务育儿，一边以科学推理破解各种案件。丈夫道彦（横山裕 饰）是刚调任搜查一课的新手刑警，推理略显不足，却常以直觉命中关键。五岁儿子亮介（佐藤大空 饰）也以童真的观察加入调查，形成一家三口协力破案的独特模式。作品融合本格推理与家庭伦理，既呈现精巧谜案，也描绘现代家庭的真实面貌。

工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了经常帮助他的阿笠博士，博士为他度身打造不少间谍武器。为了防止犯罪团伙对他进行报复，新一决定隐姓埋名，暗中追查他们，希望能得到解药。一日，新一 的女友毛利兰来到了阿笠博士的家寻找男友的下落，被小兰撞见的新一情急之下编造了自己名叫江户川柯南，随后柯南寄居在了小兰家。小兰的父亲毛利小五郎是一名私家侦探，新一可以籍着和他一起四出办案一起追查黑夜人的下落。柯南在小学认识步美等小学生，他们一起组织了一个少年侦探团，向罪犯宣战！