擅长画画的高中生真城最高（佐藤健 饰）有一天被头脑灵光的同学高木秋人（神木隆之介 饰）缠上。对方自称超级喜欢漫画，可却没有绘画才能，秋人希望和最高搭档进军漫画界。最高的叔叔川口太郎（宫藤官九郎 饰）曾是小有名气的漫画家，但因过劳和连载被砍最终英年早逝，这让青年深知这一行的残酷性。经不住秋人的怂恿，最高终于就范。两人选择自荐的方式将目标锁定在集英社旗下的殿堂级周刊《JUMP》上，并初步得到了编辑服部哲（山田孝之 饰）的认可...

某个清晨的街道，一个老婆婆失手让推着的婴儿车从斜坡滚下，这时，麻将馆收工的恒夫恰好路过，他上前查看，惊讶地发现婴儿车里竟然有个年纪不小的女孩子！原来，女孩子是老婆婆的孙女，从小双腿残疾，婆婆觉得丢人，就把她藏在家里，只在清早带她出去散心。令恒夫惊讶的是，这个女孩子的身上不仅没有流露脆弱或自卑，反而有些特别的地方……

伴随着熟悉的旋律，画面是车水马龙的东京新宿街头，老板的声音缓缓响起，依旧是午夜十二点，属于一家食堂的时间开始了。菜谱只有猪肉汤套餐，但是想吃的都是可以点，老板都会尽量满足，这是他一贯的营业方针。特殊的风格和充满人情味的美食一直吸引着很多顾客。这次登场的客人有吃汤面不要面的女出租车司机，相爱相杀的喜剧演员师徒二人，毛线编织达人，天才物理学者，蔬菜商店的老板等等。大家都在东京生活，有着各自的艰辛与困难，老板的这家小小的食堂，更像是一个温暖的救助站，为大家提供食物，让大家可以畅所欲言。食客们在这里卸下一天的疲惫，谈论着遇到的趣事，或者独自品味忧愁。在享受过美食之后，女司机和老友放下心结，喜剧演员师徒与彼此和解，编织达人和物理学者收获了爱情。这一段段故事在深夜特有的幽静和食堂内的袅袅暖意间被娓娓道来，人生百味，尽在这四方食堂间。

孤僻的青年村崎十三少年时代饱受同班同学赤井欺侮，在极度的痛苦与憎恨之中，他的体内逐渐分裂出另一个残暴无情的人格——13号。村崎辗转搬到了赤井所在的公寓，与之为邻，并在赤井所在的建筑队工作。当过暴走族的赤井如今有了一个幸福的小家，不过暴躁的性格从不曾改变。他早已忘记了当年的受气包村崎，在工地中依然对他百般欺负。不断的刺激和痛苦的回忆，令恐怖的13号渐渐苏醒，继而展开对仇人及其家人的疯狂报复……

正准备获得帝都大学的物理学教授的汤川学（福山雅治 饰）是一名不折不扣的物理学怪才，思维异于常人。这日，女警内海薰（柴崎幸 饰）接手了一单离奇的人体自燃案件，毫无头绪却又急于破案的她在同事草薙俊平的介绍下，找到了汤川学。汤川学本来不想惹麻烦上身，后来经不起内海薰的纠缠，终于答应和她携手破案。在经过一系列取证后，汤川学运用他精深的物理学知识，终于揭破了罪犯的犯罪手法，帮助警方顺利破案。 一日，内海薰又接到了一起离奇的谋杀案子。小男孩忠广自称灵魂出窍看到了疑犯的汽车，若忠广所言属实，则疑犯的嫌疑能得以洗脱，然而警方又怎能将灵魂出窍当成证供？难道忠广在说谎？内海薰自然又找到了她的“明灯”——汤川学。汤川学经过现场取证，证明了忠广的确看到了疑犯的汽车，由此为疑犯洗脱了嫌疑，同时戳穿了所谓的“灵魂出窍”，最后真相大白。凶险棘手的案件在不断发生，而汤川学也周旋在这离奇古怪的迷局里面，一次次展现了智慧的力量。