该片根据漫威2006年出版的漫画《内战》改编，背景故事承接于《复仇者联盟2：奥创纪元》事件的余波中。在奥创对这个世界造成了巨大的影响之后，复仇者联盟还是团结一致保护人类。但是在一些政治角力的背后，政府认为是有必要控制一下这些超级英雄的超能力和他们的行动。于是，一项管控措施出台。这个措施就是要求复仇者联盟接受政府管理，按照政府的要求来行动。任务的开展、进程和结束，都要由政府主导。这个管控措施在复仇者联盟中引起了极大的争议。意见最极端、最两极分化不可调和的，就是钢铁侠和美国队长之间的问题，于是，这两个同盟者之间的矛盾就此爆发了出来。

身经百战的超级英雄们产生了职业倦怠，已经卸下钢铁战甲的托尼·斯塔克因此发明了“奥创”——有自我意识、有学习能力的人工智能机器人，并将保护世界的重任交给奥创。令超级英雄们始料不及的是，不断进化的奥创得出了“人类是地球上最大的威胁”这一结论，进而开始实施消灭人类的计划。有强大能力的改造人兄妹快银和绯红女巫也成为奥创的帮手，四处制造麻烦。于是，在地球面临生死存亡的紧急关头时，超级英雄们挺身而出承担起拯救世界的重任，他们将阻止可怕的人工智能机器人“奥创”制定恐怖计划。