炎炎夏日，出木杉君向朋友们讲述了《金银岛》的故事。大雄（大原惠美 配音）兴致盎然，又在胖虎（木村昴 配音）、小夫（关智一 配音）以及静香（嘉数由美 配音）面前吹嘘要找到海盗的宝藏。当然，最终他还是要依赖忠实的好朋友哆啦A梦（水田山葵 配音）。哆啦A梦拿出了秘密道具“金银岛地图”，大雄则极其巧合地在太平洋中心找到了一座藏有金银财宝的新的岛屿。在此之后，好伙伴们扬帆远航，一路朝着太平洋中心前行。当最初的快乐刺激过后，一群神秘海盗将众人拦了下来。经过一番混战，静香还被对方当成另外一个女孩抢走。与此同时，大雄等人则救下了来自那座岛屿的男孩弗洛克（山下大辉 配音）。 为了救回静香，他们追踪着海盗的踪迹，穿越茫茫大海……

哆啦A梦与大雄驾驶具有时光跳跃机能的“时光齐柏林飞船”，为了寻找自古以来许多冒险家梦寐以求的亚特兰提斯和龙宫城等每个人都曾想像过的梦幻乌托邦，在空中展开了一场大冒险。

随着在24世纪“Inflation,Hole”的发现，利用“Inflation,Drive”以超光速从太阳系向外层空间进行旅行成为可能。在太空中，从地球开始，每32.6光年就有一处为“Inflation,Drive”服务的空间拉力站，它们被称作"Watcher's,Nest"Kureha,Misaki，是被称为"Seraphim"的特种部队组织的成员，她与另外三位女性队员-,Susanna,,Luxandora,,and,Kiri－在完成在太阳系进行的训练后正前往她们的下一站"Watcher's,Nest"。但是，正在等待她们的是来自平行宇宙被称为"Ghouls"的可怕生物通过Inflation,Hole的入侵。