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在德国一座中世纪大学城的植物园中，一棵古老的银杏树静静矗立，见证着三个时代中人与自然之间的深层联结。1908年，大学首位女性学生透过摄影镜头，在植物的微观结构中发现宇宙的神圣秩序；1972年，一位沉默的青年在观察天竺葵的过程中，悄然改变了对世界的感知；2020年，一位来自香港的神经科学家在研究婴儿意识的同时，与这棵树展开一场意想不到的实验。
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主角秦牧，幼时被一女尸托举至涌江边并被司婆婆捡到，村长根据玉佩上的字为其取名为“秦牧”。被一只母牛哺乳长大，是天生凡体，但被村长骗为霸体，修炼霸体三丹功。后走出大墟闯荡，进入京城，拜入太学院。历经考验成为天魔教教主，并被延康国封为第一任太学博士。秦牧随武可汗入楼兰黄金宫，一个人打遍圣宫无敌手，麻翻无数大巫，盗走无数珍宝。后返回延康，助国师平叛、入京城斩杀太子、造射日神炮。秦牧得人皇传承成为新一代人皇。机缘巧合下遇到了亲生父亲，揭开了自己的身世，借助道门小玉京等人的帮助，开启了道法神通改革的大世。一步步逐渐成长，作为延康变法三杰之一，为芸芸众生而战。