受人尊敬的正义法官秦誉（张家辉 饰），为掩盖儿子交通肇事逃逸真相，不惜将自己拖入罪恶深渊，在法官职责与父亲身份间陷入两难，高级督察唐萱（胡杏儿 饰）在调查中发现端倪，逐步揭开案件背后隐藏的父爱牺牲与程序正义的冲突，一场关于父爱与正义的终极博弈就此展开。

梁笑棠再度踏入警队，担任教官一职，投身于刑事情报科，致力于培育新一代的卧底精英。在此过程中，他结识了机智过人的古惑仔苏星柏，两人迅速建立起深厚的警察与线人关系，默契无间，以兄弟相称。然而，苏星柏心思缜密，他其实只想借助梁笑棠的力量，助自己踏上坐馆之位。而他与青梅竹马的女友，才华横溢的大律师姚可可关系微妙，两人之间始终缺乏一份坚定的信任。梁笑棠的上司周望晴，其外貌酷似他已故的女友。两人在工作中日渐生情，但他们的关系始终在上司与情人之间摇摆不定，因此引发了不少冲突、矛盾与考验。周望晴与警司巩家培师徒情深。他们曾一度认为梁笑棠无法适应警队的纪律生活。然而，当苏星柏为追求权势，不惜牺牲梁笑棠的同僚时，梁笑棠毅然决定重操旧业，再次深入虎穴，卧底对付苏星柏。一场惊心动魄的较量即将上演，一时间危机四伏，一触即发……

刑事情报高级督察卓凯（苗侨伟 饰）现身泰国曼谷，在当地获得重要情报：九指强与泰国倪坤进行毒品交易。追查之后发现吉运帮黑吃黑将倪坤杀死与九指强进行交易。为寻找吉运帮犯罪证据卓凯与卧底潜入社团窝点后被Pak Key得力手下乐少锋（周柏豪 饰）发现行动，和他们交起手来。逃脱之后卓凯一行人准备离开泰国返回香港时发生一场大爆炸，除了卓凯之外的所有卧底葬身火海。伤心欲绝的卓凯返回香港后面临停职，变得一蹶不振。与此同时香港最大的社团长兴发生内斗，长兴新继任的龙头魏德信（陈豪 饰）以雷厉风行手段剿灭社团的高级头目，其中包括覃欢喜（许绍雄 饰）。然而覃欢喜是长期潜伏在长兴的卧底，面临此番处境，他曾想过向Handler求助调回警察队伍，但妻子突然出事惨死在社团人士手中，令覃欢喜彻底沦入黑道。

抗战期间，为打击汪伪政府特务组织76号，军统成立新安特训班。情胜兄弟的发小陈克海和方黎结伴前往，以期抗日救国。然而一次任务的失利却让陈、方二人天各一方。两年后，已秘密加入共产党的陈克海回到上海并潜入76号，发现方黎已经站在了自己的对立面。兄弟重逢之际亦是道路抉择之时。面对性格大变的陈克海，方黎屡次试探，甚至不惜欺瞒以确定陈克海的身份。陈克海身处敌营，虎狼环伺，面对一次次的试探与危机，他临危不惧，化险为夷，为组织输送了宝贵的情报。但他发现方黎的身份似乎也并不简单。战局的迷雾渐渐散去，这对昔日的同窗知己，为了彼此的信仰，将迎来最后的对决。