故事描述女主角小樱（木之本樱）与男朋友小狼（李小狼）和其他同学从小学毕业后升上初中的故事。                                                                    　　在一次小樱做梦梦到53张樱之卡上面的图案都消失了，一名神秘人物出现之后库洛牌都碎掉了，                                                                    　　小樱从这个梦醒来翻开封印之书发现库洛牌都变成透明的了!                                     　　在与知世、小狼和艾力欧的讨论下，小樱重新踏上了收集透明牌的故事。 

　　花户小鸠（花泽香菜 配音）是一个身份神秘的天然呆少女，她的工作就是治愈“受伤的心”，然后收集治愈后的心灵所留下的透明碎片。她是怎样拥有这样的能力，其目的又究竟为何，这一切都是谜题。在一次偶然之中，小鸠来到了一间快要废校的幼稚园，善良的园长冲浦清花（折笠富美子 配音）和园中可爱的孩子们感动了小鸠，她决定不再流浪，留在此处帮忙。　　在幼稚园中，小鸠认识了孤儿藤本清和（前野智昭 配音），虽然清和经常对小鸠粗声粗语，但他的关怀之情溢于言表。此外，一些心灵曾经受过伤害的人们也渐渐的聚集在了小鸠的周围，在帮助他们的同时，小鸠的内心也逐渐得变得更加坚强。

运气绝佳的小樱（丹下樱配音）在买文具时，抽中了特等奖，去往香港的旅行。这个意外之喜让小樱极其兴奋。最后商讨出的结果就是小樱、知世（岩男润子配音）、桃矢（关智一配音）及雪兔（绪方惠美配音）四人一起去香港游玩。四人到达香港后，小樱捕捉到了奇怪的气息，一直尾随着四人。在追逐的过程中，小樱意外与小狼（熊井素子配音）和莓玲（野上尤加奈配音）相遇。四人于是被小狼带回了家作客。小樱在小狼家做了奇怪的梦，事后被小狼的母亲占卜，告知原因是因为小樱强大的力量易招引魔力，且告知小樱要警惕水。梦中的景象似乎是预告，而这次香港之行似乎冥冥之中被谁操控着……

　　故事发生在黑手党出没的意大利。表面上，“社会福祉公社”是一间专门收容孤苦少女的福利院，但在背地里，他们却以杀手为目标训练这些肢体残缺的女孩。他们将少女们洗脑后进行肢体改造和实战训练，经过改造的女孩们，成为了不折不扣的杀人兵器。其中，要数海瑞塔（南里侑香 配音）、莉可（三桥加奈子 配音）、崔耶拉（仙台惠理 配音）、克拉耶斯（小清水亚美 配音）和安琪莉可（寺门仁美 配音）五人最为优秀。每个少女都配有一个年长男性作为辅佐官照顾其生活起居。虽然身份是杀手，但她们对自己的辅佐官都有着深厚的信任和感情。　　少女们的敌人，是被称为“五共和国派”的恐怖组织，他们为了争取自由独立犯下了不择手段的罪行。少女们无法逃脱死亡的悲伤命运，残酷的战斗中，处处显现出这些无依无靠的“工具”们悲哀的身影。