月球最高监狱，穷凶极恶的伯格罗多星人鲍里斯（杰梅奈·克莱门特 Jemaine Clement 饰）越狱逃亡。他在1969年犯下邪恶罪行，最终被年轻的K（乔什·布洛林 Josh Brolin 饰） 砍掉一只手臂，送入监狱。此次他逃脱的目的，就是穿越时空杀死K。与此同时，J （威尔·史密斯 Will Smith 饰）和K（汤米·李·琼斯 Tommy Lee Jones 饰）一如既往处理各种外星人引起的混乱，因对鲍里斯的案件三缄其口，两个好搭档心生隔阂。　　崭新的一天，J发现K消失不见，周围更几乎没人知道K这个人。此时的K已在40年前被鲍里斯杀死，他所建立的A网也不复存在。在这危急时刻，伯格罗多星人大举入侵地球。为了保护家园，J必须穿越时空再次改变历史……

地球并不只是人类的天下，其实有1500名外星人生活在我们当中，而星际移民局则处理和外星人相关的事情。纽约普通警察爱德华兹因缘际会之下加入了这一组织，成为MIB的一员，代号J，从此没有名字，成为特警K的搭档。J随身携带的“银河系”宇宙次原子能源的最好来源也失踪了，若虫族找到，将给亚基伦人带来毁灭性的打击。

故事发生在第一部的四年之后，此时特警K已经退休，成为一名普通的邮局局长，而J则继续从事MIB的工作。卡洛瑟星邪恶女王蛇莲娜来到地球需找宇宙能量“萨塔之星”，占领了MIB的总部。而当年逃亡到地球的萨塔公主萝娜曾请求MIB把“萨塔之星”藏在地球，全面负责这件事情的K为了地球的安全，拒绝了她。面对来势汹汹的蛇莲娜，MIB派J去寻找k，调查当年事件的真相，怎样说服失去记忆的K相信外星人的存在，成了J面临的第一个难题……

亚当斯庄园多了一个刚出生的婴儿，戈麦斯雇了个保姆黛比，她很讨亚当斯一家人的欢心。但大儿子普格斯利和女儿温丝黛看穿了她的用心，原来她是有名的“黑寡妇”，小时候便杀死了她的父母，后来又连续为钱杀死了她的两个丈夫。但当孩子们还来不及告发黛比时，黛比已经将他们都送去了夏令营，和费斯特叔叔结婚了…

商业精英的汤姆·布兰德（凯文·史派西 饰）是彻头彻尾的工作狂，却时常忽视家庭与亲情女儿生日这一天，因公迟到的他匆忙赶去宠物店，为女儿买了一只她喜欢的宠物猫，却被宠物店老板用魔法将他的躯体困在一只宠物猫体内。被困于宠物猫的汤姆大声呼救，然而这对于听不懂猫语的人类只是“喵喵”的叫声。这时沃肯出现在它的笼前，说自己是“猫语者”，但沃肯此次并非来救他，只是让他思考自己被变成猫的原因。绝望的汤姆惊呼“我讨厌猫”，却得知猫的生命很短暂，很有可能一辈子被困在这里，而回归原型的条件则是要做回一个称职的老公和父亲。随后便发生了一系列令人啼笑皆非的故事。