爱德华德和他的弟弟阿尔芬斯十分思念在他们还小的时候亡故的母亲，实行了炼金术中最大的禁忌——可以将死者复活的人体炼成。 可是炼成失败，爱德华德失去了左腿，阿尔芬斯则失去了全身。爱德华德好不容易才以牺牲自己的右臂为代价将弟弟的灵魂炼成，并定着在一副铠甲上，可是其代价未免太大了。爱德华德和阿尔芬斯一起，为了找回所失去的一切，开始踏上了寻找拥有极大力量的“贤者之石”的旅程。 　　 　　右臂和左腿用钢制义肢“机械铠”来替代的他，被人们称为“钢之炼金术师”…

被称为仙兵器的少女与剩下的准英雄之间的虚幻而痛苦的故事。         地球后的世界被不明怪物“野兽”蹂躏，包括人类在内的许多种族都被毁灭。         勉强幸存的种族离开了地面，定居在被称为雷古鲁厄尔的空中岛屿上。         500年后在天空中苏醒的威廉·克梅修斯，在无法保护自己想要保护的东西，甚至孤身一人的绝望中，过着孤独的生活，却意外展开武器管理工作，结识了少女们 .

故事讲述了西历2067年，在人类会失去自我并泼辣化的怪病——"狂暴化症候群"蔓延的银河边境之地。而作为对抗手段而结成的战术音乐组合「WALKÜRE」为了以歌声平定"狂暴化症候群"——她们在星球间奔走、展开着现场演唱会活动。另一方，同时，被称为「空中骑士团」的「风之王国」所属瓦尔基里部队开始了举动——。围绕着史前文化遗产之谜，超越星系的热烈团队协作与爱情故事拉开了帷幕。

这是个异形生物所支配的世界。人类处于生物链最下端，面临灭绝的危机。某一天，森林的守护者·格雷姆与一名人类少女相遇，故事也就此展开。森林守护者与人类女孩之间，如同父女之间的羁绊又将描绘出一篇怎样的故事呢？

公元2067年，以银河系边境的星系为中心，丧失自我而狂暴化、极尽破坏之能事的“Var”症候群，正在逐渐扩大。察觉事态严重性的星间复合企业体，为了将这一症状镇静化，将少女们的“战术音乐组合Walküre”与执行共同作战的“Valkyrie部队”编成到一起。另一方面，“风之王国”的被称作“空中骑士团”的“谜之Valkyrie部队”开始行动。在“原始文明的遗产”之谜的交错当中，超越星系的热切恋情与友情的物语开幕。《超时空要塞》新作动画《超时空要塞Δ》制作的消息于2014年10月发表。2015年9月正式确定标题，同年10月29日举办了制作发表会，12月31日放送特别节目。