故事设定在一个从未出现过奥特曼与怪兽的地球上。某天，因意外一名外星人从宇宙坠落。失去过往记忆的外星人 “奥美迦” 化身为地球人模样，被人称为“宙人”。他对人类充满好奇，积极地接触这些陌生的生命体。 当神秘巨型生物接连出现时，尘封的记忆碎片被唤醒，宙人脱口而出 “怪兽”二字。面对怪兽的威胁，强烈的使命感驱使他变身成为奥美迦奥特曼，与怪兽作战。 随着故事推进，来自外星的宙人与一位普通青年逐渐成为并肩作战的伙伴。

由于太阳发射的奥特耀斑导致在沉睡在地球地底和海底的火花人偶（“スパークドールズ”）复活，为了应对接二连三出现的凶恶怪兽和侵略宇宙人，人类结成了装备有超科学机械的特搜防卫队Xio（吉奥）。 特殊防卫队Xio队员大空大地在战斗中听到了迷之声，此后与神秘之光结合成为了“艾克斯奥特曼”。

有一天，马格玛星人及孪生怪兽来袭地球。当时身任地球防卫队MAC的队长诸星团，立即变身为赛文奥特曼迎战。但不敌，幸得雷欧奥特曼现身相助，才合力把怪兽赶走。 在此战役中，诸星团因伤重而瘸腿，且损坏了奥特眼镜，便再不能够变身成赛文了。因此，他诚邀凤源（雷欧奥特曼）加入MAC，并委以保卫地球的重任。

奥特战士们的故乡——M78星云“光之国”遭到神秘敌人的突然袭击，赛罗奥特曼对自己的力量过于自信，差点失手。在父亲赛文奥特曼的帮助下，赛罗奥特曼成功突围并消灭了敌人。为了弥补自己的过失，赛罗奥特曼只身一人担负起一探敌人真正身份的任务。他戴着父亲给予他的万能物品——奥特手镯，向着未知的宇宙空间，独自踏上旅途。 在旅途中，赛罗感受到有声音在召唤他，赛罗跟着召唤他的声音，来到了一个未知的行星。赛罗在拯救行星上的人们时，他和身负重伤、奄奄一息的青年“岚”以及他的弟弟“小治”相遇。赛罗奥特曼被岚的勇气所感动，与他合为一体，以岚作为人类形态，拯救了岚的生命。 后来，赛罗遇见了行星艾斯美拉鲁达的公主艾美拉娜，赛罗通过艾美拉娜知晓了敌人的真正身份，操控神秘军团的幕后黑手“银河皇帝贝利亚”！曾被奥特战士们齐心打倒的邪恶奥特战士贝利亚复活了！他创建了强大的银河帝国，展开了称霸宇宙的征程！

很久以前，魔王兽在地球上出现，做尽一切的破坏。历代奥特英雄们将魔王兽封印，令地球恢复了和平。 时光流逝，为了从魔王兽的复活中保护地球，从银河的远方来到地球的光之战士，欧布奥特曼。在地球上自称红凯，作为流浪青年无定向及持续地漂泊旅行。 红凯为了打倒复活的魔王兽，将昔日奥特英雄们封印魔王兽并留下来的力量以“欧布圆环 Orb Ring”变成卡牌，以此来获得“奥特融合卡 Ultra Fusion Card”。　“奥特融合卡”寄宿着历代奥特英雄的力量。红凯把两张“奥特融合卡”经由“欧布圆环”双重读取，Ultraman Orb Fusion Up(融合升越)！在与魔王兽的战斗中胜利即获得新卡片，欧布奥特曼将会得到新的力量！

剑悟变成特利迦奥特曼，为了守护大家的笑容，在永恒核心里消失了。时间推进到特利迦消失的两年后，时冈代理队长率领精英胜利队想方设法复活在永恒核心中消失的真中剑悟。在众人的不懈努力下，终于复活了剑悟。 剑悟复活后取回了特利迦的力量，结果在面对新的怪兽时，陷入了苦战。就在特利迦难以招架的时候，泽塔奥特曼跨越宇宙次元，再次来到地球前来帮助特利迦。没想到随着事情的发展，遥辉发现了事情的背后居然浮现出了宿敌赛雷布洛的影子。于是，遥辉开始追查赛雷布洛的踪迹。 三千万年前超古代人的残党，他与赛雷布洛联手，试图获取剑悟的光之力量。他可以变身成邪恶特利迦，实力非常强大。特利迦根本招架不住邪恶特利迦，不光泽塔前来帮助特利迦，就连伊格尼斯也变成黑暗特利迦前来协助特利迦。 三位战士将联手粉碎超古代人残党与赛雷布洛的阴谋。

终于，所有手表集齐，那一刻到来了…… 王者的诞生，背后隐藏着巨大的阴谋。神秘的组织突然出现，他们自称为历史的管理者。 身份立场的转变，跨越时间的旅行，亲密好友的背叛……庄吾、盖茨、月读、沃兹该何去何从？而他们的所作所为，与未来紧密相关！ 世界会开始崩溃吗？平成时代会被推翻重来吗？ 最大的谜题将会揭开！

2018年9月 —— 平凡的高中生们正在为各自的前途奋战。 明光院景都正为了梦想的柔道金牌而努力，然而，他在比赛中受伤，从此再难踏上柔道选手之路。明光院心灰意冷之时，神秘的青年突然出现并拿出手表及驱动器…… 此外，班级里也突然来了一位名为海东大树的转学生…… 错综复杂的阴谋，层层交叠的陷阱。等待着明光院、庄吾还有月读的，究竟是什么样的未来?

小学生新星勉非常爱看《盖亚奥特曼》，他是奥特战士的忠实粉丝。一天晚上他在观看《盖亚奥特曼》的录像时被卷入奇怪空间，他在那里看见了一个红色光球，以及一名站在火海中的女孩。没想到第二天在学校，这个女孩竟然真的出现了，女孩的名字叫七濑理沙。 放学后，勉在自家的仓库中居然看到了在奇怪空间里看到的红色光球。红球自称可以帮人实现任何愿望。勉在理沙的鼓动下，向球许愿希望可以见到电视中的角色高山我梦。没想到红球真的召唤出了我梦，同时还召唤出了怪兽撒旦比佐。我梦看到怪兽撒旦比佐后，变身成盖亚奥特曼后，将其击败。 第二天，勉在朋友面前炫耀此事，没想到被高年级学生给浩夺走了。浩经常欺负勉，他和勉不一样，他很喜欢怪兽。所以得到红色光球的浩，是希望能够召唤自己喜欢的怪兽。红色光球遵循浩的愿望，召唤出了怪兽。可怕的怪兽让盖亚陷入危机，最后关头迪迦和戴拿也出现了。

异次元人亚布鲁拥有不死之躯，虽然亚布鲁被奥特战士消灭，但是仇恨的力量，让亚布鲁再次复活。亚布鲁为了报复奥特战士，想出了一个计划。亚布鲁盯上了维克特利水晶之核，它打算利用维克特利水晶之核，复活已经被奥特战士干掉的宇宙帝王亡灵裘达。 然而，传说中的超人奥特之王早已察觉此时。所以奥特之王派出宇宙警备队去阻止此事。雷欧、阿斯特拉、艾斯还有希卡利都来帮助银河和维克特利了。希卡利奥特曼将骑士剑笛赠送给了翔，希望翔用骑士剑笛的力量阻止亚布鲁。 受到众位奥特战士阻挠的亚布鲁，依然贼心不死，还是打算继续复活宇宙帝王亡灵裘达。亚布鲁召唤出实力强大的超兽去抵挡奥特战士们的攻击，结果，最后还是让亚布鲁阴谋得逞，成功召唤出了宇宙帝王亡灵裘达。最后时刻，翔获得了维克特利水晶之核的力量，成功封印了亡灵裘达，打败了亚布鲁。