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在德国一座中世纪大学城的植物园中，一棵古老的银杏树静静矗立，见证着三个时代中人与自然之间的深层联结。1908年，大学首位女性学生透过摄影镜头，在植物的微观结构中发现宇宙的神圣秩序；1972年，一位沉默的青年在观察天竺葵的过程中，悄然改变了对世界的感知；2020年，一位来自香港的神经科学家在研究婴儿意识的同时，与这棵树展开一场意想不到的实验。
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日本每年有约20万具遗体被归为“死因不明”，真正接受法医学解剖的不足一成。为改变这一现状，厚生劳动省主导成立了拥有调查指示与解剖决定权的法医学专业团队——MEJ（Medical Examiner Japan）。从美国归来的天才法医学者水泽真澄（藤冈靛 饰）曾参与大量检死工作。他性格独特却洞察敏锐，不被常识束缚，常以一句“这存在矛盾”追问真相。面对遗体时，他以“LOVED ONE”相称，从细微痕迹中还原逝者生前的时间与被掩盖的事实。与他搭档的是MEJ中心长桐生麻帆（泷内公美 饰）。出身母子家庭的她立志通过制度改变社会，却在官僚体系中屡遭挫败。临危受命执掌MEJ的她虽无医学背景，却在一次次案件中直面“死因不明”背后的现实。立场与价值观截然不同的两人，在冲突与磨合中携手挑战疑难案件，揭开死亡背后的真相。