王冠市是个水与绿茵、古街道与近代建筑完美调合的城市。为了观看正在这里举办的“神奇宝贝足篮世界杯”，小智一行人向王冠市前进。在途中，他们遇到了一只能够化身其他神奇宝贝或人类、名为“索罗亚”的不可思议的神奇宝贝。 索罗亚还会心电感应，为了帮助同伴，它告诉小智它也要前往王冠市。小智们决定要栛助索罗亚，一起结伴同行。 另一方面，幻之宝可梦雪拉比在相隔20年再度现身王冠市的同时，王冠市却发生了一起奇妙的事件。原本应该是这座城市的守护神－传说的宝可梦雷公、炎帝、水君竟在街道上大搞破坏。 原来这个事件的背后，隠藏著大企业的社长克林克斯·寇泰的邪恶计划。从前，曾经利用雪拉比的神秘力量获得财富与权力的寇泰，为了再度取得这个力量，他故意制造王冠市的混乱，好让雪拉比掉入他的圈套。 而变身为传说的宝可梦引起暴动的，是能够操控幻影的神奇宝贝“索罗亚克”。 然而，索罗亚克竟然是索罗亚正打算前往栛助的同伴！而利用索罗亚克变出的幻影，寇泰则不停地追逐著雪拉比。再这样下去，雪拉比和王冠市真的很危险！小智们将为此展开行动…。 雪拉比拥有的秘密力量是什么呢？雪拉比和王冠市的命运将会如何呢？索……

“破格的世界”…是在这个世界的另一个次元，如镜子般事物皆呈反向的不可思议的世界，同时也是骑拉帝纳栖息的空间。由于帝牙卢卡与帕路奇犽的一场时空之战，让反转世界因此受到影响，为此愤怒的骑拉帝纳开始寻找罪魁祸首的帝牙卢卡，并打算将他拉入反转世界里。 某天，属性为“感谢”的神奇宝贝“洁咪”，突然出现在旅行途中的小智一行人面前。后来，小智一行人与洁咪，准备一起前往葛拉西蒂亚花田，但是在那里等着他们的是对洁咪虎视眈眈的骑拉帝纳、以及操纵著尖端科技的巨型母舰的神秘青年杰洛…。 隐藏在葛拉西蒂亚花中的秘密到底是？被称为神的神奇宝贝们的对战结果又会是！？洁咪的真正的力量又是！？小智一行人是否能阻止杰洛的阴谋，拯救这个世界呢！？最后的高潮，将会是超乎你所想像的“美丽奇迹”！

在很久很久以前，還沒有精靈球的時代，有一場神奇寶貝大戰。勇者亞朗和他的神奇寶貝路卡利歐，為了阻止大戰，藉著波導的力量努力讓戰爭平息，人們也因此稱亞朗為「波導的勇者」。 百年之後，小智和皮卡丘一行人來到歐魯德朗城，參加為了讚頌勇者亞朗而舉行的寶可夢對戰和慶典。小智在對戰中贏得了勝利，被封上「波導的勇者」的稱號，並獲得在祭典時拿著「勇者之杖」化身勇者的權利。 就在舉行盛大的慶典之時，被封印在「勇者之杖」中的神奇寶貝路卡利歐竟然在小智的眼前甦醒，並說出百年前亞朗棄城潛逃的秘密！？ 另一方面，奇幻的神奇寶貝「夢幻」突然現身，並且帶走皮卡丘和喵喵。小智為了尋找皮卡丘，在路卡利歐的帶路下，向「世界初始之樹」前進。在神祕的「世界初始之樹」下究竟隱藏著什麼謎團？皮卡丘被夢幻帶到哪裡去了？傳說中的勇者亞朗和路卡利歐「波導傳說」的秘密到底是什麼？

四年前，一颗陨石坠落至极地，从中诞生出DNA神奇宝贝-代欧奇希斯，居住在大气层的天空神奇宝贝－裂空坐，因而认为代欧奇希斯侵略它的领域，双方展开了一场激战。最后，裂空坐打败了代欧奇希斯，代欧奇希斯的核心沉到了海里，伦多博士正好带着他的助手优子及儿子小超来此地考察，目睹了这一切，并带走了另一个还留在陨石内没有复活的代欧奇希斯的核心。小超从此变得很害怕神奇宝贝。四年后，小智等人为了挑战对战塔，造访了小超居住的高科技城市-拉鲁斯市。在阴错阳差下，小超被误当成挑战者和小智一起被送上竞技场。就在同时，代欧奇希斯又完全复原，它依据其同伴所发出的信号，来到了拉鲁斯市。双方的大战一触即发....

由“拉格那母星”生存下来的人与其他漂流在宇宙中的人组成“银河漂流舰队”，为了找寻适合生存的星球，派遣出“宇宙少年骑士团”四处寻找。李昂等四人被派到太阳系而发现了地球，无意间将正在“星际大奇航”游戏中的胖虎与小夫带进所搭乘的太空船中离开了地球。哆啦A梦与大雄、静香为了救出他们，乘坐“宇宙救护船”追了下去。但是在途中因为空间跳跃时遭到强力电磁波击中，导致太空船损毁。幸而李昂的太空船亦在相同地方也是因为跳跃装置故障而停滞，哆啦A梦等人因此而进入了李昂的太空船，恰巧与胖虎和小夫相遇。 当李昂一行人回到了“银河漂流舰队”前，发现与原先舰队中多出了以李昂的父亲李贝尔特为首的“独立军”，这个独立军的目的就是要以武力侵略适合生存的星球，他们经由派出去的间谍佛蕾亚得知了地球的情报，并且计划要进攻地球。 李昂在舰队之神“优格特树”的指引下，见到了自己的母亲，并且经由其指示，要瓦解“独立军”必须先击倒控制着他父亲李贝尔特司令官的安葛尔摩亚。在哆啦A梦以及大雄等人的协助下，成功解救了危机。

大雄为了拥有跟小夫一样的宠物机器狗，擅自从哆啦A梦的空间袋订了很多机器人。没想到却将另一个星球的小孩也牵连进来。由於这个机器小孩严重受损只有把他带回去他原来的世界，才能得救。於是大雄一行人决定护送这个孩子回去，后来他们遇到了机器人医生查贝克博士。原来这个机器王国本来是人类跟机器人和平共处的世界，但是在艾德姆国王因拯救机器人，而身亡后，继位的珍娜女王由於打击过大，於是把机器人当做奴隶并把他们变成只听从人类的忠实道具来使唤。这主要也是因为珍娜女王听信邪恶司令官铁斯塔的话，下令改造机器人。铁斯塔一开始就打算利用珍娜，目的是要夺取这个国家，在大雄等人的协助下让人类与机器人在机器王国共创原来的家园。

一百年前，席卷全球的战争让几乎所有的国家都从地球上消失，幸存的人类聚集在破败的芝加哥。新世界的创始者为了谋求永久的和平，将幸存者们分成了无私派、诚实派、无畏派、友好派和博学派。每个派系都有自己专门的社会职责，他们通力合作促进这个世界的进步。美丽女孩碧翠丝（谢琳·伍德蕾 Shailene Woodley 饰）出生于无私派家庭，她和其他同龄人一样，将在16岁那年决定自己终身所属的派系。然而测试表明她是一个极为少见的分歧者……

水都奥多马雷，相传在这里有两只传说神奇宝贝-拉帝欧斯与拉帝亚斯，秘密的看守着守护这座城市的宝石-心之水滴。小智一行人正好造访这里，参加完水上竞速赛后，并从当地居民口中得知这项传说。这时，闻名世界的怪盗姊妹出现了，她们为了夺取心之水滴，利用探测器，找出了变成人型的拉帝亚斯，想借此查出心之水滴的下落，正好被小智撞见。怪盗姊妹想利用心之水滴的力量掌控整个水都奥多马雷，小智该如何制止她们的计划？

打扮成男子模样的少女·天上欧蒂娜因为某个原因而转学到贵族学校·凤学园，在那里，她遇到了被称为“蔷薇新娘”的美丽少女姬宫安希，从而被卷入了一场以争夺“蔷薇新娘”为目标的决斗游戏。 与TV版相比，剧场版的很多设定都作了大幅度变更。监督几原邦彦在制作剧场版时减少了突发演出的场面，希望让观众更容易理解作品的意涵。画面比TV版更华丽且超乎现实，相对地，故事内容更现实而残酷。剧场版中，欧蒂娜幼时不曾遇见过王子，想成为王子是由于其他更强烈的理由；男装打扮也比TV版更为彻底，只有在决斗时才会把头发放下，动作和语气也显得更男孩子气。另一位女主角安希则变成了长直发，不戴眼镜，性格开朗活泼……另外，剧场版中安希与晓生之间的关系，也变得更为悲壮残酷。

小智一行人抵达了小光预备参加神奇宝贝华丽大赛的白杨镇，在那里他们认识了驾驶热气球的女子艾莉丝、其青梅竹马东尼欧，以及艾伯特男爵。由于艾伯特男爵认定隐居于城镇庭园中的黑暗神奇宝贝-达克莱伊是近日来破坏城镇的元凶，并准备讨伐它。 然而东尼欧的想法却不同，他侦测到在白杨镇的上方有一股异常的冲击波，而那正是传说中分别掌控时间的帝牙卢卡，与空间的帕路奇犽这两大神奇宝贝在次元之夹缝中大战所造成；而达克莱伊的攻击并是为了让它们远离这座城镇。随着两大神的争斗越来越激烈，终于在白杨镇的名景“时空之塔”的上方产生了空间裂缝，两大神的争斗场所于是转移到了白杨镇。小智他们该如何阻止这场危机？而众人对达克莱伊的误解又会如何化解？激烈的时空对决即将展开！