故事设定在一个从未出现过奥特曼与怪兽的地球上。某天，因意外一名外星人从宇宙坠落。失去过往记忆的外星人 “奥美迦” 化身为地球人模样，被人称为“宙人”。他对人类充满好奇，积极地接触这些陌生的生命体。 当神秘巨型生物接连出现时，尘封的记忆碎片被唤醒，宙人脱口而出 “怪兽”二字。面对怪兽的威胁，强烈的使命感驱使他变身成为奥美迦奥特曼，与怪兽作战。 随着故事推进，来自外星的宙人与一位普通青年逐渐成为并肩作战的伙伴。

奥特战士们的故乡——M78星云“光之国”遭到神秘敌人的突然袭击，赛罗奥特曼对自己的力量过于自信，差点失手。在父亲赛文奥特曼的帮助下，赛罗奥特曼成功突围并消灭了敌人。为了弥补自己的过失，赛罗奥特曼只身一人担负起一探敌人真正身份的任务。他戴着父亲给予他的万能物品——奥特手镯，向着未知的宇宙空间，独自踏上旅途。 在旅途中，赛罗感受到有声音在召唤他，赛罗跟着召唤他的声音，来到了一个未知的行星。赛罗在拯救行星上的人们时，他和身负重伤、奄奄一息的青年“岚”以及他的弟弟“小治”相遇。赛罗奥特曼被岚的勇气所感动，与他合为一体，以岚作为人类形态，拯救了岚的生命。 后来，赛罗遇见了行星艾斯美拉鲁达的公主艾美拉娜，赛罗通过艾美拉娜知晓了敌人的真正身份，操控神秘军团的幕后黑手“银河皇帝贝利亚”！曾被奥特战士们齐心打倒的邪恶奥特战士贝利亚复活了！他创建了强大的银河帝国，展开了称霸宇宙的征程！

一条乐，一个随处可见的普通高中生，同时也是黑道集团“集英组”的小少爷。10年前，他和关系很好的某个女孩子做了一个约定，“下次见面的时候，我们就结婚吧”，分别时女孩送他的一条项链，10年来他一直都寸不离身地佩戴着。 某一天，一条乐的班级里来了一位美少女转学生·桐崎千棘。从最初的相遇开始，一条乐和桐崎千棘就异常的合不来，不论什么事最后都会发展成吵架。但就是这样的两人，因为某件事情开始假扮成恋人关系。 一边关注着暗恋的同班同学·小野寺小咲，一边继续着和桐崎千棘假扮恋人关系的一条乐。在这“伪恋物语”的前方，究竟会有怎样的结局呢？

终于，所有手表集齐，那一刻到来了…… 王者的诞生，背后隐藏着巨大的阴谋。神秘的组织突然出现，他们自称为历史的管理者。 身份立场的转变，跨越时间的旅行，亲密好友的背叛……庄吾、盖茨、月读、沃兹该何去何从？而他们的所作所为，与未来紧密相关！ 世界会开始崩溃吗？平成时代会被推翻重来吗？ 最大的谜题将会揭开！

2018年9月 —— 平凡的高中生们正在为各自的前途奋战。 明光院景都正为了梦想的柔道金牌而努力，然而，他在比赛中受伤，从此再难踏上柔道选手之路。明光院心灰意冷之时，神秘的青年突然出现并拿出手表及驱动器…… 此外，班级里也突然来了一位名为海东大树的转学生…… 错综复杂的阴谋，层层交叠的陷阱。等待着明光院、庄吾还有月读的，究竟是什么样的未来?

小学生新星勉非常爱看《盖亚奥特曼》，他是奥特战士的忠实粉丝。一天晚上他在观看《盖亚奥特曼》的录像时被卷入奇怪空间，他在那里看见了一个红色光球，以及一名站在火海中的女孩。没想到第二天在学校，这个女孩竟然真的出现了，女孩的名字叫七濑理沙。 放学后，勉在自家的仓库中居然看到了在奇怪空间里看到的红色光球。红球自称可以帮人实现任何愿望。勉在理沙的鼓动下，向球许愿希望可以见到电视中的角色高山我梦。没想到红球真的召唤出了我梦，同时还召唤出了怪兽撒旦比佐。我梦看到怪兽撒旦比佐后，变身成盖亚奥特曼后，将其击败。 第二天，勉在朋友面前炫耀此事，没想到被高年级学生给浩夺走了。浩经常欺负勉，他和勉不一样，他很喜欢怪兽。所以得到红色光球的浩，是希望能够召唤自己喜欢的怪兽。红色光球遵循浩的愿望，召唤出了怪兽。可怕的怪兽让盖亚陷入危机，最后关头迪迦和戴拿也出现了。

朝仓陆等人从伽古拉那得知巨大人工头脑吉尔巴利斯企图抹杀全宇宙的智慧生命体，它为了寻找“赤钢”准备向地球发起进攻。为了阻止吉尔巴利斯，小陆等人来到了冲绳寻找“赤钢”，并在那里遇到了库西亚人比嘉爱琉，在她的带领下，他们终于在石像前找到了“赤钢”，然而小陆却无法令“赤钢”觉醒。就在此时，吉尔巴利斯手下的加拉特隆军团出现了，它们向冲绳发起了攻击。小陆变身成捷德奥特曼与欧布奥特曼、赛罗奥特曼一起对抗敌人。 然而小陆却给了自己太大的压力，他认为自己一定要保护好众人，结果因鲁莽行事而败下阵来，欧布奥特曼与赛罗奥特曼为了保护他而被敌人击中。小陆一度因此丧失了自信，最后在众人的鼓舞下，他的终极形态觉醒了！手持终极升华器的捷德奥特曼终极形态向吉尔巴利斯发起了挑战

真央等人毕业后的春假，以及随后樱花绽放的季节。在差不多该开始新学期的时候，京夜又一次被塞入了袋子里。而当他从袋子里爬出来时，发现自己来到了一个同GJ部活动室一模一样的房间。但京夜从窗户看到的景色，居然是纽约！

卯野咲是个很普通的女孩子，有一天回家的时候，发现有个怪异模样的男子正在踢门。 而令人意想不到的是，这个男子跟她的母亲居然是旧识，并且母亲还坦言了自己曾经做过魔法少女的事实。 经过解释，这名凶恶的男子居然是前来找咲代替母亲签订魔法少女契约。 获悉此事，咲一开始很不情愿，结果面对敌人来袭的时候她被迫变身，但出现在大家面前的居然是个肌肉饱满的纯爷们？！

异次元人亚布鲁拥有不死之躯，虽然亚布鲁被奥特战士消灭，但是仇恨的力量，让亚布鲁再次复活。亚布鲁为了报复奥特战士，想出了一个计划。亚布鲁盯上了维克特利水晶之核，它打算利用维克特利水晶之核，复活已经被奥特战士干掉的宇宙帝王亡灵裘达。 然而，传说中的超人奥特之王早已察觉此时。所以奥特之王派出宇宙警备队去阻止此事。雷欧、阿斯特拉、艾斯还有希卡利都来帮助银河和维克特利了。希卡利奥特曼将骑士剑笛赠送给了翔，希望翔用骑士剑笛的力量阻止亚布鲁。 受到众位奥特战士阻挠的亚布鲁，依然贼心不死，还是打算继续复活宇宙帝王亡灵裘达。亚布鲁召唤出实力强大的超兽去抵挡奥特战士们的攻击，结果，最后还是让亚布鲁阴谋得逞，成功召唤出了宇宙帝王亡灵裘达。最后时刻，翔获得了维克特利水晶之核的力量，成功封印了亡灵裘达，打败了亚布鲁。