由“黑色”裁决“黑色”—— 德国，加拿大，以及（英国）伦敦。黑衣组织所制造的暗杀案件在世界各地接连发生！ 目标的共同点是？组织的目的是？ 不久，琴酒就将魔爪伸向日本。这场暗杀大戏不过才刚刚开始。 宿命的相遇，突然—— 东都水族馆进行了大规模翻新。为了观赏那里的特色——世界第一个二轮式巨大摩天轮而来到此处的柯南一行人与那里一位受伤的神秘女性相遇。她似乎由于某种原因丧失了记忆。线索只有已损坏的手机。柯南与少年侦探团一起，决定帮助她找回记忆。这时，灰原觉察到了异样。这个女性，是左右眼颜色不同的“双色瞳”的拥有者。

朝仓都知事收到一封神秘的恐吓信，内容为：“对于你那4年执政中桀骜不驯的态度，上天将给予惩罚！”。隔天，由都知事主导开通的新地下铁隧道遭到炸毁。虽然多亏柯南知道恐吓信而使得这次爆破事件没有人员伤亡，但是，夺取都知事性命失败的犯人势必将再次犯案，并带来更大的灾害，调查朝仓都知事历年事政的柯南，察觉到极有可能是在国土交通大臣时代所推动的水坝建设案中，怀有恨意的犯人就在那相关关系人等之中，因此决定进行深度搜查。 因为水库的建造，沉入湖底的新泻县北泽村村民迁移到邻近土地已有5年了，在这5周年纪念的日子里聚集了许多人前来参加。可能如推测，犯人就在那人群之中吗？柯南展开事件调查的同时，巧遇5位在8年前就是儿时玩伴的男女相聚在此地。 纠缠他们的黑暗阴影、忌妒、愤恨，以8年前交通死亡事故为契机，一直到水坝建设后的今。然而就在和交通事故发生的同一天，8年前行经悬崖而坠落失去意识的少年冬马醒了过来，对于交通事故发生当日的记忆，有一点一滴逐渐唤醒的冬马有着迫切的危机。果然，在那群儿时玩伴中又有一人遇害，尸体被寻获了，这黑暗阴影也一步步的逼近少年侦探团。

曾经在日本被烧毁的梵高名画《向日葵》在聚集了大富豪的纽约拍卖会场中标。铃木次郎吉以3亿美元的史上最高金额得到了这幅名画，他的目的是收集散布在世界上的7幅《向日葵》。前所未有的大规模展会在以拥有铁壁般的安全系统著称的日本美术馆雷克洛克举办，这一梦幻般的新闻发布至全世界，柯南和兰也关注了新闻转播。次郎吉打算召集通称为“七武士”的专家来保护《向日葵》，但此时怪盗基德突然现身，在发出宣战布告声称自己必定要夺取这幅名画之后便离去。本应该只以巨大宝石为目标的基德为何要夺取这幅画？在下一个瞬间，高中生侦探工藤新一的身影在骚动的会场中现身了，他自称是由于听说了基德的传闻才前来的。而在数日之后，搭载着《向日葵》的客机飞行在前往日本的高空中时，再次遭到白色影子的袭击……围绕着独一无二的至宝，谎言与真实纷繁交错的艺术之谜开幕。

一个女人来到小五郎处，请其帮助看守宝石。这女人名叫牧树里，是代表着日本的女演员。她收到预告称有人将会去夺取她所拥有的宝石“命运的宝石”，而预告者正是怪盗基德。小五郎断言：基德将会在树里担任主角的传统话剧的公演最后一天前来盗宝。于是第二天，柯南，小五郎，小兰还有少年侦探团一起前往传统话剧公演的东京汐留。柯南对小五郎的推理充满疑问，于是自己推理基德的出现。然而，在那里出现的竟是工藤新一！

以635米的高度为傲、可以俯瞰东京街景的铃木塔竣工。前往参加其开幕仪式的柯南等人，从眺望台上享受着绝美的景色。就在此时，一发子弹击碎了窗户玻璃，打穿了一个男人的胸膛。案件发生于一瞬之间，完全搞不清到底发生了什么，小兰与少年侦探团都陷入了恐慌。 柯南立刻利用追踪眼镜的望远镜功能，沿着弹道发现了一个黑色的身影。“从那么远的距离进行狙击，怎么可能？！”柯南马上与女高中生侦探世良真纯乘坐摩托车追赶逃走的狙击手，意想不到的是狙击手居然连警察的巡逻车都打算一起炸掉，整个追踪过程都被其玩弄于股掌之中。结果，这场激烈的追踪将FBI也卷入其中，犯人以及狙击事件的谜团都消失在了大海里。 于是柯南和世良协力，而警察和FBI合作调查此案，终于查出了美国海军特种部队“海豹突击队（Navy Seals）”的存在。其实这起狙击事件不过是接下来将发生的大混乱的第一步！与此同时，住在工藤新一家的神秘研究生冲矢昴也不动声色地秘密行动起来……

本片改编自TYPE-MOON出品的文字冒险类游戏《Fate/stay night》，是该游戏最终路线“HF线”动画剧场版全三部作品中的第二章。通过女主角间桐樱的视角，讲述了御主和英灵为了得到可以实现一切愿望的圣杯而相互厮杀的一场战争。 时隔10年在冬木市爆发的这场“圣杯战争”中，因被称为“圣杯战争”御三家之一的间桐家的当家·间桐脏砚的参战而变得更畸形、扭曲和恶化。作为御主参战的卫宫士郎也在战斗中负伤还失去了英灵Saber，尽管如此士郎为了守护间桐樱，并没有从战斗中引身退出。而担心士郎身体的樱，自己也无法逃离魔法师的宿命……

有一天众多企业在米花市政大楼，共同进行了一种新的游戏“茧”的成果发表会。玩家可透过这个游戏，进入虚拟世界中，体验实地游玩游戏的快感。 但是在这个同时，汤玛斯辛多拉董事长基于某些动机，杀害了工藤优作的朋友樫村忠彬，后来被揭发罪行。 在另外一边正式启动的“茧”，被泽田弘树所开发的诺亚方舟程式入侵，使整个游戏变成了一场生存游戏。眼看着未出局的人数越来越少，柯南如何挽救50个人的性命呢？......

一串悲凉的歌声诉说着蜘蛛城的历史预言。战国时期，处于密林围抱的蜘蛛城，地形复杂，敌军攻来此地，必然迷路，因此城主稳坐城楼，指挥若定，四面排出大将御敌，可保此城固若金汤。大将鹫津武时（三船敏郎 饰）和副将三木因为平叛得力，准备回城领赏。途中，二人阴错阳差走入了密林深处，偶遇一白发老妪弹琴吟唱。他们觉得此事蹊跷，怀疑是敌方故布疑阵，因此上前以武力逼其就范。但此人却预言鹫津将夺城主之位，三木之子也将继承大统，正当两人将信将疑之时，此人化作一道白光销声匿迹。此后，回到城中，鹫津做了北城城主，但念及预言，心有不甘，于是在妻子浅茅的怂恿下，弑君，自立为蜘蛛巢城城主，然而这才只是预言的开始……

卡里奥斯特罗，一个位于欧洲人口只有3500人的小国家，却是世界上最逼真的伪钞——山羊之钞的发源地。其伪钞之真，连鲁邦三世这样的大盗都险些被其蒙蔽。鲁邦和伙伴旅行至此，恰巧遇见正被一伙暴徒追赶的美丽少女克拉丽斯。鲁邦出手相救，却从少女遗留下的戒指上若有所悟。原来是多年前鲁邦曾来此寻找过山羊之钞的下落，并在此结识还是孩童的克拉丽斯及其身为大公的父亲。如今物是人非，七年前的一场大火烧毁了大公的城堡，克拉丽斯的父母皆在大火中身亡。孤苦伶仃的克拉丽斯无依无靠，而摄政王卡里奥斯特罗伯爵则逼迫少女与之成亲。鲁邦决定从伯爵手中救出女孩，同时探究戒指背后所隐藏的关于宝藏的秘密……

“十八岁。高中最后一年。明明如此，六花却……仍然是个中二病”。升入大学的考试近在眼前，高中三年级到来前的春假。 富㭴勇太和小鸟游六花的共同生活依然一成不变。但他们的上位契约似乎仍未缔结……这样的某一天，六花的姐姐十花宣言要将六花带去意大利。她说自己的工作已经安定下来，因此要携家迁居。勇太虽然感到焦躁，但十花却提出了「不能就这么放着考大学也很危险的六花不管」这样的合理意见。这样下去的话，两人就要被迫分开。担心他们的丹生谷等一如往常的成员，对勇太提出了逃跑的提案。 就这样，以日本全国为舞台，两人的逃亡剧就此展开。