马来西亚爆发神秘传染病，当地药业公司AMANAH研究的特效药MD5成为救助病患的神丹妙药。可是一直跟踪报道该疾病的记者宋丹文意外死亡，跟着AMANAH总裁张日善（郑则仕 饰）的儿子在办公室自杀身亡。经警方调查，张公子纯系他杀。与此同时，张公子的妻子彭珍美（周秀娜 饰）秘密跑到香港，她随身携带的机密引起多方势力的争抢。香港警察王大伟（吴镇宇 饰）与马来西亚皇家警察警长李永勤（张智霖 饰）接头，协助调查这一系列案件。不久后，王大伟收到一段视频，视频录制者自称“泄密者”指控AMANAH是绝命病毒的始作俑者，而张日善的二儿子更落到他们手中。

凌风（张智霖 饰）和好友樊毅（王阳明 饰）同为缉毒警察，两人是共同出生入死的好兄弟。然而某一日，传来了樊毅死亡的消息，凌风则成为了最大的嫌疑人，还背负上了勾结毒贩的污名。凌风知道，能够证明他清白的只有他自己，于是决定踏上逃亡的旅途。而坚信凌风有罪的简文珊（薛凯琪 饰）在其身后穷追不舍。

毒枭康素差（刘青云 饰）一直带着手下张建行（郭富城 饰）从事毒品交易，新加入的成员欧志远（古天乐 饰）也因一次意外与两人有了过命交情，三人情同手足。康素差在香港的贩毒生意被警方查处后带团队逃到金三角发展，却意外发现身边藏有卧底。此刻，是敌是友，一片茫然。