以成为神奇宝贝大师为目标，小智（松本梨香 配音）、小刚（うえだゆうじ 配音）和小霞（豊口めぐみ 配音）带着各自的神奇宝贝在世界各地进行艰苦的修业之旅，今天他们历经长途跋涉终于来到了风景秀美的米琪亚镇。在当地一对小兄妹的介绍下，小智一行前往神殿遗址游玩。谁知却遭遇了极其危险的情况。关键时刻，掌管时间的迪亚鲁加和守卫神殿的西娜（北乃きい 配音）、凯宾（岸祐二 配音）帮助了他们，能与神奇宝贝心灵沟通的西娜还熄灭了冥王龙的怒火。从西娜口中得知，创造了世界的神奇宝贝即将苏醒，它不仅会使时空扭曲错乱，还将为世界带来毁灭性的灾难…… 本片为神奇宝贝系列第十二部电影剧场版。

　　大加户明叶（清野菜名 饰）是一名在知名设计公司上班的设计师，工作上非常努力的她深受上司和客户的信赖。和职场上的顺风顺水比起来，明叶的感情生活就显得略微有些苍白无可怜了，明叶遇到的所有的恋爱对象几乎都是渣男，每一段恋情都以失败告终。如今，明叶对结婚恋爱这件事情早已经佛系了。　　某日，在一场酒会上，明叶邂逅了名叫百濑柊（坂口健太郎 饰）的男子。百濑是广告代理公司的职员，让明叶没有想到的是，两人刚刚相识，百濑竟然就向自己求婚了。原来，百濑并不是对明叶一见钟情，只是为了完成结婚这项任务而已，虽然对百濑的行为感到非常的不耻，但迫于现实的压力，明叶同意了百濑的求婚。