故事发生在2030年的日本。 一种病毒正在全世界范围内蔓延。病毒感染者会突变成怪物，而且根据年龄、性别、种族的不同，会变化出不同形态。因为变化形态的多种多样，这种病毒被称为「Gibia」（像野生鸟兽富有多样性）。 然而，在日本这片废土之上，一对武士与忍者突然出现了。他们二人从江户时代的早期穿越而来，在研究病毒治疗方法的博士的帮助下，共同展开行动。 面对着接踵袭来的Gibia，抢夺路人食粮的亡命之徒，以及各种敌人的围攻之下，杀机重重、生死攸关的冒险之旅开始了。

主要讲述了喜欢魔术的高中生黑羽快斗，在自己房间内一道隐藏的门后的密室里发现了世界闻名的大盗怪盗基德的服装。之后，身着怪盗基德服装的快斗遇见了父亲——世界知名的魔术家黑羽盗一以前的助手寺井黄之助，从他的口中得知自己的父亲正是怪盗基德，而且他并非死于意外，而是被人暗杀。为了找出杀害父亲的人，快斗决定以第二代怪盗基德的身份开始着手调查父亲真正死因。在以怪盗基德的身份活动的某日，快斗与称呼自己为“黑羽盗一”的神秘组织相遇，而该组织正是他的杀父仇人，故事也由此正式拉开帷幕。

主要讲述了喜欢魔术的高中生黑羽快斗，在自己房间内一道隐藏的门后的密室里发现了世界闻名的大盗怪盗基德的服装。之后，身着怪盗基德服装的快斗遇见了父亲——世界知名的魔术家黑羽盗一以前的助手寺井黄之助，从他的口中得知自己的父亲正是怪盗基德，而且他并非死于意外，而是被人暗杀。为了找出杀害父亲的人，快斗决定以第二代怪盗基德的身份开始着手调查父亲真正死因。在以怪盗基德的身份活动的某日，快斗与称呼自己为“黑羽盗一”的神秘组织相遇，而该组织正是他的杀父仇人，故事也由此正式拉开帷幕。