在天下失序、列强割据的时代，僧人祥庵将一名孤儿从中国带到了日本。孤儿名叫仔太郎，他背负着一个惊人的秘密，中国的某武装组织追着他也到了日本。\r\n祥庵死后，孤苦无依的仔太郎带着爱犬飞丸前往赤池之国的万觉寺，在途中遇见了神秘剑士“无名”。仔太郎遭到追杀，危急时刻无名救了他一命。从此两人结伴同行。性格乖僻的浪人和紧闭心扉的少年虽然磕磕碰碰不断，但渐渐成了好朋友。\r\n白鸾率领的追杀组织还是抓住了仔太郎，他们开始着手筹备某种仪式。金发碧眼的剑士“罗狼”也是追杀组织中的一员，他虽然听命行事但并不真正在意组织的目的，对他来说，寻找可以与自己匹敌的对手才是生命的意义。而罗狼与无名之间的生死对决也拉开了帷幕……

忍者学徒服部勘三郎离开家乡伊贺，前往江户接受最后的训练。他遇到的第一个人将成为他的师父，他必须以生命相护，同时遵守忍者信条。在江户期间，服部勘三郎还必须查明为何他们的对手甲贺忍者蒸蒸日上，而伊贺忍者却日渐势微。 他的师父是九岁的男孩健一。健一性格内向，不太受欢迎，从不和学校里的其他孩子一起玩。健一还暗恋着一位名叫美智子的年轻女士，但他太害羞了，不敢跟她说话。不过，看着服部勘三郎竭尽全力，他也开始尝试。 与此同时，人们被发现昏迷不醒，身上没有任何伤痕。所有受害者都有一个纹身——甲贺忍者的徽章，身旁还有一把飞刀。