近未来，科学家研发出可以窥探人类脑中世界的MRI扫描器。借助该扫描仪的帮助，警方可以从死者临终前看到的影像中追查线索。名为科学警察研究所法医第九研究室的机关，正是运用MRI扫描技术的经营机关。作为“第九”室长的警视正薪 刚（生田斗真 饰），曾经见过堪称地狱般的罪犯之脑。这一天，新人研究员青木一行（冈田将生 饰）被分配到“第九”，他很快就接触到一桩诡异的案件。某个男子因涉嫌杀害全家而被判处死刑，薪刚和青木一行对死刑犯露口浩一（椎名桔平 饰）的大脑研究时意外发现，灭门案中失踪的女儿露口绢子（织田梨沙 饰）居然挥舞着利刃刺向家人。以此为契机，连锁事件接连发生，甚至指向了“第九”的禁忌之地——贝沼事件，当初薪刚的好友铃木（松坂桃李 饰）以生命为贝沼事件画上血淋淋的句号，而今黑暗的秘密逐渐浮出水面……

经历了动荡的明治维新，日本迎来新的时代。在明治政府第十个年头，不祥的气息弥漫东京。恶德实业家武田观柳操纵女医师高荷惠研制新型鸦片，公开招揽落魄武夫，大肆收购周边土地，有条不紊地实现他的狼子野心。在此期间，以刽子手拔刀斋之名滥杀无辜的鹈堂刃卫引起了前新選组头目斋藤一的注意，也迫令隐姓埋名多年的拔刀斋本尊绯村剑心登场。

在电脑宅男阿学遭到混混纠缠时，出手救了他的是隔壁班素昧平生的阿阳。脑子动得快、八面玲珑、做坏事却不懂得踩刹车的阿阳，与有着沟通障碍、电脑知识却非常丰富的阿学，两人就此结下不解之缘，成为互补的最强搭档。毕业后，两人决定白手起家创业，一起赚到能买到世界上任何想要东西的「一兆美元」！为此，他们决定挑战世界级骇客大赛SECCHAM……！