全人类因谜般的现象而在一瞬间石化，之后过了数千年—— 拥有超越人类的头脑，天生的科学少年·千空苏醒了。 面对文明毁灭的石之世界（STONE WORLD）， 千空决定依靠科学的力量取回原本的世界。 他召集新的伙伴，创立了『科学王国』。 火、铁、电气、玻璃、手机…… 千空等人开始跨越从石器时代到现代文明的200万年科学史。 但号称灵长类最强的高中生·狮子王司所统率的『武力帝国』却阻挡在他们面前。 以净化人类为目标的司，企图利用强大的武力来阻止科学的发展—— STONE WARS，就此开战！

从石器时代到现代文明， 疾驰过200万年的科学史！ 前所未有的冒险传记，于此开幕！ 在宝岛的激战结束后，千空等人平安回到了科学王国。 他们用得到的石化装置，成功复活了陷入冷冻睡眠的司。 司成为了科学王国的同伴！ 而在确定将人类石化的幕后黑手“怀曼”就在月球的千空等人，准备奔向月球！在这个石纪元，提出了从零制造宇宙飞船的宏伟工程。 为了从全世界收集飞船的材料，千空等人迅速乘上珀耳修斯号驶向大海。 要制造复活液，他们需要大量的玉米，于是第一个目的地就被设为了美洲大陆。 而在结束了考验勇气、团结以及科学力量的大航海后，等待着的，是能动摇他们的威胁。 千空等人的冒险，终于开始迈向世界，甚至迈向太空。 为了拯救人类的未来，千空和同伴们一起，全力开拓科学的道路。