神城麻郁从小在孤儿院长大，除了一张年代久远的照片外，他对自己的过去一无所知。一次偶然中，他在电视上看到了和自己手中照片上一模一样的房子，为了弄清楚自己的过去，他搬到了那幢房子里，并进入当地的高中就读。某天上学途中，麻郁遇见了正要被人非礼的女孩宫藤深衣奈，他意外的发现，自己和宫藤深衣奈有着相同颜色的眼眸。让麻郁没有想到的是，当晚，深衣奈竟然出现在了自己家的门口，并拿出了和麻郁一模一样的照片，声称自己饰麻郁的双胞胎妹妹。就这样，麻郁开始了和深衣奈的同居生活，随着时间的推移，两人之间的关系逐渐亲密起来。

本作的故事主要围绕追逐梦想的五名女生——宫森葵、安原绘麻、坂木静香、藤堂美沙、今井绿展开，是一部描写以白箱的完成为目标而奋斗的她们，每天遇到的麻烦以及策划工作时碰到的纠葛与挫折，还有制作组在制作作品时的团结和冲突的动画业界的日常的群像剧作品。

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每三百年，将会出现一次由黑曜之君展开的舞姬之战。在战斗过程中，舞姬（HiME：Highly-Advanced Materializing Equipment）（高次物质化能力）需击倒无依者（ORPHAN）及其同伴，成为众多HiME之中唯一的胜出者，终能得到黑曜之君所赐予的力量：“媛星(ensei)”。HiME将会依靠她们不同的武具（Element）和子兽‘心之子’（Child）作战，有的具备相当战力，有的却只能用作侦察情报。概念上，HiME有权选择于任何情况下使用能力与否，然而说穿了，就如黄金天使的歌一样，她们只是笼中之鸟，没法顺利得到爱情也难以共持友情的少女。

在某个小镇，主角冈崎朋也因为家庭的因素成为不良少年，一直与春原阳平为伍，在光坂高校过着潦倒的生活，但冀望终有一天能够离开所在的小镇。某一天，他在学校坡道前发现了一个止步不前的女孩，在朋也认识了这个名为“古河渚”的女孩后，他的生活开始有了重大的变化。 前半为主角和女主角们之间所发生的事件，后半After story为主角和古河渚，在冈崎中学毕业之后，共同生活的日子，其中还穿插了“幻想世界”，CLANNAD就是由这三个要素所组成的故事。

一名戴面具的男子自昏迷中醒来，回忆一片空白，然而眼前所见到的，却是长着耳朵和尾巴的怪异女子。原来女子名叫艾露露（柚木凉香 配音）。艾露露告诉男子，她是“亚人类”，她和她同族的同伴们住在远离城市的深山之中，靠种植和农耕过着朴素的生活。族长将哈克奥罗（小山力也 配音）的名字赐予男子，从此，哈克奥罗便在这宁静的山村里过上了平静的生活。村子里住着一群善良快乐的人们，哈克奥罗运用自己的智慧帮助村民们开垦耕种，极快的提高了粮食的产量，同时在村民中也有了很高的威望。当村民们正为了这个丰收年而举族欢庆的时候，野心勃勃的藩主将贪婪的目光投向了他们。藩主克扣粮食又增加赋税，让本来就清贫的村民们不堪重负。终于，在忍无可忍之中，村民们爆发了，而带领起义军英勇战斗的不是别人，正是哈克奥罗本人。他们能推翻腐朽的统治吗？哈克奥罗的真实身份究竟是谁？这一切都在战争的推进中得到了解答。

第九卷附赠OAD

转校来到学生、老师、甚至连学园长都是个性派的私立龙鸣馆的卫素奈绪。虽然对不习惯的学园生活有些不知所措，但为了喜欢的话剧，为建立话剧部而来到学生会室，这里却是学生会长雾夜艾利卡一手掌握大权的女王政治的中心。更糟的是，和过去有某种缘分的青梅竹马对马雷奥发生了最糟的重逢……

　　作为《寒蝉鸣泣之时》DVD全9巻购入者特典的“猫杀篇”OVA动画。片头、片尾曲和“寒蝉鸣泣之时”动画（第一期）相同。　　前原圭一和其他社团成员玩扑克牌游戏，规则是输家接受惩罚，穿着女仆装、泳装等在村里进行Cosplay游行。游戏结束后，大伙步行到雏见泽村郊外的谷河内。园崎魅音说起她幼年时有一回和伙伴们到采石场附近玩捉迷藏，不久即被一位突然出现的大叔催赶回家，后来伙伴A行踪不明，A的父亲驱车前往谷河内寻找，不料在回程的途中2人的汽车翻落山崖。有传言说他们是因为吸入了从连通地狱的洞穴渗漏出来的瘴气而中毒……

在偏僻的小村庄——雏见泽村过着愉快生活的少年前原圭一，得知了在这和平村庄中发生的分尸杀人案件。而此事件，又与被称为「御社神的作祟」的一连串离奇死亡案件有所关联。